肽段覆盖率分析服务

提供蛋白酶切优化、LC-MS/MS数据采集、数据库检索等检测，鉴定肽段列表、覆盖图谱（序列上方标出肽段位置），并标注修饰位点，适用于重组蛋白、单克隆抗体、融合蛋白、天然提取蛋白等。

服务背景

随着生物制药和蛋白质组学的发展，监管机构对蛋白药物的一级结构表征提出了更高要求。ICH Q6B指南明确建议对重组蛋白进行肽段图谱分析，以确认其序列正确性。同时，基于质谱的蛋白质组学技术日趋成熟，高分辨质谱仪和数据库检索算法大幅提升了鉴定的深度与准确性，使得常规开展高覆盖率分析成为可能。

· 序列变异风险：基因突变、转录错误或翻译后修饰可能导致蛋白序列与预期不符，这种变异难以通过常规分子量检测发现。
· 低丰度蛋白鉴定困难：在复杂混合物中，低丰度蛋白的信号容易被高丰度蛋白掩盖，导致覆盖度不足。

· 膜蛋白等难溶蛋白：跨膜区域疏水性强，常规酶切难以产生适合质谱检测的肽段，造成覆盖缺口。

· 蛋白酶切优化：根据蛋白特性选择胰蛋白酶、Lys-C、Glu-C等单一或组合酶切方案，必要时采用非特异性酶切填补覆盖缺口。

· LC-MS/MS数据采集：使用高分辨质谱仪（如Orbitrap系列）进行DDA或PRM模式采集，兼顾鉴定深度与灵敏度。

· 数据库检索：采用专业搜索引擎（Mascot、PEAKS、Byonic等）匹配质谱谱图与理论酶切肽段。

· 覆盖率计算与可视化：输出氨基酸覆盖百分比、鉴定肽段列表、覆盖图谱（序列上方标出肽段位置），并标注修饰位点。

仪器设备：液相色谱-串联质谱（LC-MS/MS）等

· 样品类型：重组蛋白、单克隆抗体、融合蛋白、天然提取蛋白、体外表达蛋白。

· 蛋白来源：细胞裂解液、纯化后溶液、SDS-PAGE凝胶条带、免疫共沉淀复合物。

· 覆盖要求：可提供常规覆盖率（>60%）、深度覆盖率（>90%）或全序列接近100%覆盖（需多酶组合）。

· 修饰分析：在覆盖率分析同时，可附带鉴定常见修饰（氧化、脱酰胺、磷酸化等）。

如何判定鉴定的肽段是真实的？

每个肽段均依据二级谱图中b/y离子的连续性和匹配程度进行评分，并提供FDR（假阳性率）<1%的筛选标准。关键肽段会人工复核谱图。

报告交付周期多长？

常规单一样本在收到合格样品后10-15个工作日内出具报告；多酶组合或复杂矩阵样品可能需要20-25个工作日。加急服务可协商。