蛋白空间构像质谱分析

提供氢氘交换质谱(HDX-MS)、化学交联质谱(XL-MS)等检测服务,反映二级结构、溶剂可及性及构像动态,适用于表位作图、聚集热点识别,适用于蛋白、多肽、抗体及ADC药物等。

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服务挑战

1. 构像动态性难以捕获
  蛋白质在生理状态下存在多种亚稳态构像,传统方法通常仅能提供平均或静态结构,丢失了大量动态信息。
2. 异质性样品分析困难
  蛋白聚集体、糖基化变异体、复合物混合状态等样品,常规技术难以分辨不同构像群体。
3. 低丰度及瞬时相互作用
  弱相互作用蛋白复合物或瞬时构像变化(如酶催化中间态)信号弱,检测灵敏度要求极高。
4. 数据解析复杂
  质谱产生的高维数据需要专业生物信息学工具进行构像约束条件反演,技术门槛高。

服务内容

· 氢氘交换质谱(HDX-MS)
 通过监测蛋白质骨架酰胺氢与氘的交换速率,反映二级结构、溶剂可及性及构像动态,适用于表位作图、聚集热点识别。
· 化学交联质谱(XL-MS)
 利用交联剂共价连接空间邻近的氨基酸残基,结合质谱鉴定交联肽段,获得距离约束信息,用于三级结构验证和复合物拓扑建模。

仪器设备:液相色谱-串联质谱(LC-MS/MS)

服务范围

· 适用样品类型
 蛋白、多肽、抗体及ADC药物等。
· 分子量范围
 天然质谱:5 kDa ~ 1 MDa;HDX-MS/XL-MS:通常10 kDa ~ 300 kDa(可依序列覆盖度调整)。
· 浓度要求
 一般需蛋白终浓度 1~10 μM,总样品量≥20 μg(具体依技术而定)。

我们的优势

· 近生理条件分析
 无需结晶或固定,直接于溶液中进行,最大程度保留蛋白天然构像及动态行为。
· 低样品消耗与高灵敏度
 单次实验仅需微克级蛋白,可检测低丰度瞬时构像变化,优于NMR的分子量上限。
· 快速迭代
 实验周期通常为2~4周(含数据分析),适合药物筛选或多条件对比研究。

常见问题解答

HDX-MS 对样品有何特殊要求?
需确保缓冲液不干扰氘交换(如Tris、甘氨酸应避免,推荐PBS或HEPES),且样品应不含胍、脲等变性剂。膜蛋白需优化温和去垢剂(如DDM、LMNG),并设置去垢剂对照实验。
服务能提供完整的PDB模型吗?
不直接生成PDB文件。但我们提供距离约束文件、溶剂可及性图和CCS值,您可导入分子模拟软件(如HADDOCK、Rosetta)自行建模,或由我方合作团队协助完成。

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